Śmiertelność
20-06-2020W tym opracowaniu dokonujemy analizy służącej oszacowaniu śmiertelności wśród przypadków zdiagnozowanych (ang. case fatality rate) dwiema metodami.
Pierwsza metoda oparta jest na analizie jednostkowych danych o zakażonych zbieranych w systemie SRWE. Analiza została przeprowadzona metodą competing risks[1] stanowiącą uogólnienie klasycznych metod Kaplana-Meiera analiz przeżycia na sytuację, w której status chorego na zakończeniu obserwacji opisywany jest więcej niż dwoma stanami. W metodach klasycznych może to być wystąpienie interesującego nas zdarzenia lub jego brak. W metodzie competing risks może to być (w naszym wypadku) zgon, wyzdrowienie lub brak wystąpienia jednego z tych dwóch zdarzeń. Oszacowanie śmiertelności uzyskuje się, biorąc pod uwagę zarówno prawdopodobieństwo zgonu, jak i wyzdrowienia. Na podstawie danych zebranych w systemie SRWE na dzień 28.05.2020 oszacowano wartość śmiertelności na 5,77% ze wzoru:
CFR = Θ0/(Θ0 + Θ1)
gdzie Θ0 - prawdopodobieństwo zgonu, a Θ1 - prawdopodobieństwo wyzdrowienia w czasie od diagnozy do maksymalnego czasu obserwacji.
Rysunek 1. Krzywe opisujące śmiertelność i wyleczalność zakażenia COVID-19. Obliczenia wykonane metodą competing risks na podstawie danych indywidualnych SRWE.
Druga metoda oszacowania śmiertelności oparta jest na analizie ogólnodostępnych danych dotyczących zakażeń i zgonów w kolejnych dniach epidemii. Śmiertelność w kolejnych dniach epidemii oszacowano, dzieląc skumulowaną liczbę zgonów danego dnia przez skumulowaną liczbę przypadków z tego samego dnia (opóźnienie 0) dnia. Oszacowano również wskaźniki śmiertelności biorąc pod uwagę fakt, że od zgłoszenia przypadku do zgonu musi upłynąć pewien czas. W tych wskaźnikach skumulowaną liczbę zgonów danego dnia podzielono przez skumulowaną liczbę przypadków o x dni wcześniej, gdzie x jest rozważanym opóźnieniem. Rozważono opóźnienia 1-7, 10 oraz 14 dni. Oszacowania biorące pod uwagę większe opóźnienie dają oczywiście wyższą wartość śmiertelności, natomiast w późnej fazie epidemii różnice się zmniejszają. Maksymalna uzyskana wartość śmiertelności (dla opóźnienia 14 dni) wynosi dn. 28.05.2020 5,89%, minimalna (dla opóźnienia 0 dni) wyniosła 4,54%. Od maksimum pod koniec pierwszej dekady maja zaznacza się pewien trend spadkowy śmiertelności.
Rysunek 2. Zmiany śmiertelności na COVID-19 w czasie na podstawie danych zagregowanych. Kolor krzywej oznacza przyjęte opóźnienie.
[1] A. C. Ghani et al., “Methods for Estimating the Case Fatality Ratio for a Novel, Emerging Infectious Disease,” American Journal of Epidemiology, vol. 162, no. 5, 20